En repetidas oportunidades se ha dicho que Linux, o más precisamente que ext2 y ext3 no necesitan un defragmentador. La fragmentación existe, pero se supone que no afecta el rendimiento de esos sistemas de archivos. Sin embargo, al mejor estilo Unix, existe una aplicación no muy conocida llamada filedefrag que sirve para ver el grado de fragmentación de un determinado archivo.

filefrag

Se puede leer un interesante y artículo y discusión al respecto en OneAndOneIs2, además de esta mención en Wikipedia de ext3.